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　　李元回忆，“1997年1月8日，中央财经领导小组听取保护耕地专题调研汇报。会议前几天,原国家土地管理局的同志带着卫星图片展板去布置会场。会议当天，当通过电视观看广州的遥感动态监测图片时，领导主动提出要看更大的照片。17张展板被抬进了会场。听完结合卫星图片介绍的耕地大量占用情况之后，“不听不知道,一听吓一跳。”中央财经领导小组的同志一致同意，要“用世界上最严厉的措施来保护耕地”。
　　很快，新修订的《土地管理法》正式实施，而作为其重要配套法规的《土地管理法实施条例》和《基本农田保护条例》同步施行，并奠定了中国目前土地管理，尤其是城市化进程中，农业用地转变为“非农建设用地”的程序。亦即，由国家土地管理局（后来的国土资源部）给各省区市下达每年的土地“农转非”指标。而各级土地管理部门则具体负责土地“农转非”过程中的土地征收和监管。直到现在，这依然是国土资源部最重要的工作。
　　进入新世纪，国土部的主要工作依然是围绕“保护耕地”展开。2002年的“土地市场治理整顿”，再次给国土资源部带来了大发展的契机。基于这次整顿的结果，中央再次出台了新的土地管理文件，2004年10月出台的国务院28号文件，即《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》。文件规定：“2004年年底以前要完成省级以下国土资源管理体制改革，理顺领导干部管理体制、工作机制和加强基层队伍建设。市、县人民政府要保证基层国土资源管理所机构、编制、经费到位，切实发挥基层国土资源管理所在土地管理执法中的作用。”
　　李元表示，“当时感觉打了一个漂亮仗，而且通过这次土地市场治理整顿，国土资源管理工作的地位大大提高，按规划用地的观念深入人心。党委、政府领导到哪里去，都要带上国土资源厅长或局长。”
　　恰恰是这个文件，成为后来一系列政策调整的基础。它第一次提出了基本农田的“红线”概念。“基本农田”一经划定，任何单位和个人不得擅自占用，或者擅自改变用途，这是不可逾越的“红线”。第二年，国土资源部倡导的“18亿亩耕地红线”正式进入“十一五”规划，成为新的常识——搜索万方数据知识库，2006年，谈论“耕地红线”的论文仅有两篇，2007年，论文数量上升到60篇，2008年77篇，而2009年至今，这一数字已经达到94篇。
　　一个细节可以看出国土资源部对“18亿亩”红线的重视。自从2006年耕地红线正式公布以后，连续3年，所有的“国家土地日”的主题，都含有“耕地红线”。分别是2007年的“节约集约用地，坚守耕地红线”,2008年的“坚守耕地红线，节约集约用地”和2009年的“保障科学发展，保护耕地红线”。
　　陈国泉表示，以中国这样大的国家，国土面积如此之大，人口如此之多，“怎么可能这样管理国家的土地？又怎么可能把所有的钱都‘卡死’的同时，再把所有的土地也都‘卡死’呢？” 党的“十七大”报告提出，要“创造条件让更多群众拥有财产性收入”，既然如此，国家土地政策也应进行改革，实现土地的“全流通”。“相对于股市，中国的农业用地，本来已经非常容易管理，如果实现了土地资源的自由流转，总体的农地面积不会减少，反而会有所增加；只有可以自由获得的土地，价格才能公道。”
　　
　　冲击土地财政
　　从土地产生的利益分配以及土地管理制度本身来看，让土地回归单纯市场要素，显然在现在的固有格局下是不现实的。
　　2004年的《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》，不仅提出了“红线”概念，也是第一次明确提出“加强农村宅基地管理，禁止城镇居民在农村购置宅基地。引导新办乡村工业向建制镇和规划确定的小城镇集中。在符合规划的前提下，村庄、集镇、建制镇中的农民集体所有建设用地使用权可以依法流转。”这不仅是后来所有“小产权房”都非法的直接依据，也是“农村建设用地流转”的最初表述。
　　既然“禁止城镇居民在农村购置宅基地”，又要“农村建设用地使用权依法流转”。那么，这一文件就已经为“农地入市”定了调。农民的农村建设用地集体“所有权”，只有在经过国家征收，改变属性为“国有土地”之后，才能进入“市场”，以交易其“使用权”。
　　最先开始的是2005年的“城乡建设用地增减挂钩试点”。经过长达20年的高速发展，中国的城市规模大大扩张。各大城市，尤其是东部沿海发达城市的“建设用地指标”已经接近殆尽。而国土部制定的“18亿亩耕地红线”更是高悬于各个城市头上的“达摩克利斯之剑”，每年下达的用地指标都不堪使用。城乡建设用地增减挂钩应运而生，其基本逻辑是，“为农民集中兴建住房，将农民迁出后留下的农民住宅拆除，并进行复耕，使之转变为农用地，与建新地块占用的农用地进行等量置换。”这些等量置换，最初都与“新农村”建设挂钩。实际上，新农村建设的重要举措就是“撤并乡镇”，把自然村合并进统一建设的“新农村”集中居住点。而这些集中修建的房屋，往往是“集约使用土地”的。
　　相比城市居民的楼房，农村宅基地的使用是非常“奢侈”的，新华社报道说：“农民在农村的人均住宅面积是200平方米，1.3亿农民工加起来就有超过260亿平方米的农村建房。农村的房屋无人居住，或只有老人和孩子居住，如此巨大数量的房屋闲置，是土地资源的最大浪费。”
　　当“新农村”建设的进度还不能满足需求时。浙江，成都，重庆三地的“增减挂钩”则更加激进地提出了“宅基地置换”的方式。
　　重庆“挂钩试点”的通常做法是，拿出原农村宅基地的20％左右，集中兴建新型农村社区，腾出的80％左右复垦为耕地，其土地指标，通过城市购买置换为城市建设用地指标。