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　　生物能源所排放的温室气体确实比石化燃料少，但制造这些生物能源时却可能排放大量废气，主因是种植生物能源的原料农作物，须开发原有的雨林、泥炭地、大草原、牧草地等天然地，不仅开发过程会释放二氧化碳，新种植的农作物吸收二氧化碳的能力也不如原有植物，整个下来，制造出的温室气体将是用传统石化燃料的17到420倍。在美国，将牧草地转换成生物能源作物用地，产生的碳债是93年。研究者认为，应利用已废弃的农地种植，或是把植物回收制成生物能源，这样不会消灭原有植物与翻动土壤，也就不致排放更多温室气体。不过，现实是各国发展生物能源已不只是为造福地球，而是利之所趋：如美国通过《能源独立安全法案》后，玉米价格已涨了20%，这使一般人更有动机去改种生物能源作物。